События манги разворачиваются на фоне средневековых азиатских пейзажей, где на территории страны в строго засекреченных конкурирующих закрытых школах молодых нинздя (а вернее синоби) обучают искусству владения телом и совершенствования духа. В одной из таких школ-деревень проживает главный герой манги – юный Наруто Удзумаки, паренёк оригинального вида и не менее оригинального поведения. Впрочем, последний факт объясняется тем, что мальчик в некотором роде, как бы это сказать, - изгой. Дело всё в том, что много лет назад, когда Наруто ещё и ходить-то не умел, на посёлок напал великий и ужасный демон – лис-о-девяти-хвостах. Демона победили, заточив его силу в ребёнке. Догадайтесь, как его звали? Правильно, Наруто! С тех самых пор мальчика в деревне побаиваются и недолюбливают, и лишь для тех немногих, кто относится к нему по-товарищески, открыто его большое и щедрое сердце.

Любит человек побеждать мать-природу. Даже крестьяне из очередного фэнтезийного захолустья предпочли новые посевные технологии надежде на богиню-волчицу по имени Хоро, тысячи лет охранявшую их урожай. Совсем затосковала богиня, но древний договор отменить могли только люди, давно о нем позабывшие. И тут нежданно-негаданно ее освободил некто Лоуренс — парень видный, ловкий и сообразительный, ведь иными бродячие торговцы и не бывают.

«Меня совершенно не интересуют обыкновенные люди», — говорит Харухи Судзумия в первый же учебный день своим новым одноклассникам; она согласна разговаривать только с пришельцами, путешественниками во времени и экстрасенсами.После этого, раздосадованная отсутствием чего-либо интересного, Харухи решает создать собственный школьный кружок, который называет «СОС-бригадой», что буквально переводится приблизительно как «Бригада Харухи Судзумии, от которой Обалдеет этот Скучный мир».